Berdasarkan  visi  di  atas   ditetapkan  misi  Madrasah  Aliyah  Negeri  2  Flores Timur sebagai berikut:

1. Melaksanakan  pembelajaran  integratif  (sikap,  pengetahuan, dan  keterampilan)yang  efektif, aman, nyaman, dan menginspirasi;
2. Melaksanakan kegiatan bimbingan dan konseling;
3. Melaksanakan kegiatan pengembangan bakat  minat;
4. Melaksanakan  tata  kelola  madrasah yang  efektif  dan  akuntabel  berbasis teknologi informasi;
5. Mengembangkan jiwa kewirausahaan (interpreneurship);
6. Mengembangkan amal usaha waralaba dengan baik;
7. Mengembangkan sistem dan mekanisme kerja yang  partisipatif;
8. Mengembangkan etos  kerja profesional;
9. Mengembangkan suasana madrasah yang rukun dan menyenangkan;
10. Meningkatkan Sarana & Prasarana Madrasah;
11. Menjalin hubungan partisipatif dengan stakeholders.